存疑不起诉是案件在诉讼程序上的处理，而不是实体上的最终处理，如果以后发现新的证据，足以认定犯罪嫌疑人构成犯罪，检察机关应撤销不起诉决定，重新作出起诉决定。然而，在司法实践中，此类案件很难重新启动起诉程序。
笔者认为，此类案件中有一部分虽然当时犯罪嫌疑人矢口否认并缺乏其他有力证据（如关键证人外出打工归期不定，共同犯罪案件中其他犯罪嫌疑人在逃等），但以后有补充完善证据的可能。然而由谁来启动或主导补查，法律没有明确规定。笔者认为，应由检察机关来主导为宜，因为公安机关已把案件相关诉讼材料移送给检察机关审查起诉，且案件在检察环节结案。如果检察机关不过问，公安机关一般也不会主动去补查，因此理应由检察机关来启动或主导补查。
笔者建议，检察机关应与公安机关加强联系，研究此类案件的补查事宜，对有可能重新补充完善证据的，检察机关应及时引导公安机关补查，必要时检察机关直接参与补查，并相互通报补查情况。对查实了相关证据，证明犯罪的证据确实充分的，检察机关应及时作出起诉决定。
熊皓
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